Japan je priznao Republiku Hrvatsku 17. ožujka 1992. Prije uspostave diplomatskih odnosa Hrvatska je imala Inozemni ured u Tokiju koji je bio zadužen za poticanje hrvatsko-japanskih bilateralnih odnosa. Hrvatska i Japan su uspostavile diplomatske odnose 5. ožujka 1993, a 3. rujna 1993. Hrvatska je otvorila Veleposlanstvo u Tokiju. Japan je u pocetku diplomatski pokrivao Republiku Hrvatsku iz Beca, a 1. veljace 1998. otvorio je svoje Veleposlanstvo u Zagrebu.
5. ožujka 2008. proslavljena je petnaesto godišnjica uspostave diplomatskih odnosa izmedu Republike Hrvatske i Japana, dviju zemljopisno udaljenih država, ali emotivno bliskih prijatelja. Hrvatska s Japanom ima vrlo dobre i prijateljske odnose. Obzirom da Hrvatska ima veliki interes za jacanjem bilateralnih odnosa sa Japanom, Stjepan Mesic, predsjednik Republike Hrvatske, od 4. do 8. ožujka 2008. posjetio je Japan. Bio je to prvi službeni radni posjet Predsjednika Hrvatske Japanu od kako su uspostavljeni diplomatski odnosi. Predsjednika Stjepana Mesica primio je Njegovo Velicanstvo Car Japana te mu je u njegovu cast priredio svecani rucak. Istoga dana predsjednik Mesic imao je sastanak s Yasou Fukudom, premijerom Japana, koji mu je priredio svecanu veceru. Predsjednik Mesic posjetio je takoder Kawasaki, Kyoto i Hirošimu. Ovaj uspješan posjet predsjednika Mesica Japanu, dao je dodatan zamah unaprijedenju cjelokupnih hrvatsko-japanskih odnosa.
Znacajna politicka suradnja dviju zemalja ocituje se i kroz usku suradnju hrvatskoga i japanskoga Parlamenat. Bilateralne odnose izmedu Hrvatske i Japana unutar Hrvatskog sabora promice Hrvatsko–japanska meduparlamentarna skupina prijateljstva, a u Dietu (japanskom Parlamentu) Parlamentarna liga Japan – Hrvatska. Jedan od osnivaca i istaknuti clan ove Lige je i Yasou Fukuda, donedavni premijer Japana.
Zbog iznimnih zasluga u promicanju prijateljstva i suradnje izmedu Hrvatske i Japana Stjepan Mesic, predsjednik Hrvatske, 2008. odlikovao je Yasou Fukudu Veleredom kraljice Jelene s lentom i Danicom, kao i Chieko Nohno, zastupnicu Doma vijecnika Parlamenta Japana, i Sadakazu Tanigakiju, zastupnika Doma zastupnika Parlamenta Japana, Redom kneza Trpimira s ogrlicom i Danicom.
Sadašnji veleposlanik Republike Hrvatske u Japanu je dr. Drago štambuk, koji je predao vjerodajnice 14. prosinca 2005, a veleposlanik Japan u Republici Hrvatskoj je Yoshia Tamura.
Posjeti hrvatskih dužnosnika Japanu
1992. Ministar vanjskih poslova dr. Zvonimir šeparovic
1993. Ministar u Vladi Zlatko Mateša
1996. Potpredsjednik Vlade RH i ministar vanjskih poslova dr. Mate Granic
1997. Predsjednik Hrvatskog sabora akademik Vlatko Pavletic
1999. Potpredsjednik Vlade i ministar financija Borislav škegro
2000. Potpredsjednik Vlade RH i ministar Slavko Linic i ministar financija Mato Crkvenac
2001. Ministar gospodarstva Goranko Fižulic
2001. Ministrica turizma Pave Župan Ruskovic
2002. Ministar financija Mato Crkvenac
2002. Ministar vanjskih poslova Tonino Picula
2005.Potpredsjednica Vlade i ministrica obitelji, branitelja i medugeneracijske solidarnosti Jadranka Kosor, ministrica vanjskih poslova i europskih integracija Kolinda Grabar Kitarovic, ministar financija Ivan šuker, ministar kulture Božo Biškupic,
2006. Ministar znanosti, obrazovanja i športa, dr. Dragan Primorac (u ožujku i u rujnu)
2008. Predsjednik Republike Hrvatske Stjepan Mesic
Posjeti japanskih dužnosnika Hrvatskoj
1993. Japansko izaslanstvo predvodeno Taizo Shibanom, zastupnikom u Parlamentu
1994. Izaslanstvo Vlade Japana na celu s Shunji Yanaiemom, glavnim direktorom Ureda za vanjsku politiku Ministarstva vanjskih poslova Japana
1995. Ministar vanjskih poslova Yohei Kono
1996. Zastupnica Parlamenta Japan i glavna tajnica Parlamentarne lige Japan-Hrvatska Cheiko Nohno
1999. Državni tajnik za financije Sadakazu Tanigaki
2000. Izaslanik Vlade Japana Tatsuo Arima
2002. Njeno carsko velicanstvo princeza Sayako
2004. Zastupnici u Parlamentu Japana i clanovi Parlamentarne lige Japan–Hrvatska Shozaburo Nakamura i Chieko Nohno
2007. Parlamentarna tajnica za vanjske poslove Ministarstva vanjskih poslova Midori Matsushima
2008. Izaslanstvo Gornjeg doma japanskog Parlamenta predvodeno Akiko Santo, potpredsjednicom Gornjeg doma
Priopćenja
