Misije i operacije pod okriljem Zajedničke sigurnosne i obrambene politike EU-a predstavljaju važan instrument Zajedničke vanjske i sigurnosne politike EU-a. RH je počela aktivno doprinositi mirovnim misijama i operacijama ZSOP-a kao zemlja partner tijekom pregovora o članstvu u EU-u. Slijedom toga, Republika Hrvatska sudjeluje u pet misija ZSOP-a: u Afganistanu (EUPOL Afganistan), Gruziji (EUMM Gruzija), Palestini (EUPOL COPPS), na Kosovu (EULEX Kosovo), te u vodama Somalije (EUNAVFOR ATALANTA).
EU misija za uspostavu vladavine prava na Kosovu (EULEX Kosovo)
Glavni cilj civilne misije EU-a za uspostavu vladavine prava na Kosovu - EULEX Kosovo je pružanje pomoći i potpore institucijama Kosova u smislu jačanja vladavine prava. Tu se posebno misli na odgovornosti sudskih organa i agencija za provedbu zakona, jačanje nezavisnog multietničkog pravosudnog sustava te multietničke policije i carine, ali i potpomaganje održivog razvoja. EULEX na Kosovu je najveća civilna misija ikada pokrenuta pod okriljem Zajedničke sigurnosne i obrambene politike EU-a.
Prema Odluci Vlade RH od 17. listopada 2013. godine u misiji EULEX Kosovo može sudjelovati do 14 policijskih službenika MUP-a. Trenutačno (ožujka 2016.) u misiji je raspoređeno 12 policijskih službenika koji rade na poslovima specijalne policije, istražitelja, imigracije, osiguranja štićenih osoba, IT podrške i administriranje informacijskog sustava te osiguranja zaštićenih svjedoka.
EU policijska misija u Afganistanu (EUPOL Afganistan)
EU policijska misija EUPOL Afganistan je uspostavljena 30. svibnja 2007. godine s ciljem izgradnje održive i učinkovite civilne policije na temelju principa nacionalnog vlasništva i u skladu s međunarodnim standardima. U tu svrhu misija se provodi kroz praćenje (monitoring), davanje mentorske podrške, davanje savjeta te putem obučavanja pripadnika i službenika Ministarstva unutarnjih poslova, Ministarstva pravosuđa i Državnog odvjetništva, kako na nacionalnoj tako i na regionalnoj i pokrajinskoj razini.
Prema Odluci Vlade Republike Hrvatske od 5. lipnja 2007. godine može se uputiti do dva hrvatska policijska službenika u misiju EUPOL Afganistan. Trenutačno (ožujka 2016.) u misiji je raspoređen 1 policijski službenik MUP-a.
EU promatračka misija u Gruziji (EUMM Gruzija)
EU promatračka misija u Gruziji (EUMM Gruzija) nadgleda provođenje Sporazuma u šest točaka (Six-Points Agreement) koji su uz posredovanje EU-a 12. kolovoza 2008. potpisale Gruzija i Rusija te Sporazuma o provedbenim mjerama od 8. rujna 2008. Cilj misije je stabilizacija, normalizacija i izgradnja povjerenja te izvještavanje EU-a s ciljem doprinosa budućem EU angažmanu u regiji. Misija je angažirana na sprječavanju obnove oružanog sukoba te održavanja sigurnosti uz administrativne linije razgraničenja. Aktivnosti misije naročito su usmjerene na promatranje situacije na terenu, prijavu incidenata i općenito na doprinos sigurnosnoj situaciji.
Prema Odluci Vlade Republike Hrvatske od 29. svibnja 2014. godine može se uputiti (sekundirati) do troje policijska službenika MUP-a u EU misiju EUMM Gruzija. Trenutačno (ožujka 2016.) sva tri policijska službenika su raspoređeni u misiji.
EU policijska misija na palestinskim područjima (EUPOL COPPS)
EUPOL COPPS je civilna policijska misija Europske unije na području Zapadne obale palestinske samouprave i izraz je kontinuirane spremnosti EU-a za potporom Palestinskoj samoupravi, osobito na području sigurnosti i izgradnji institucija. Cilj potpore EU-a Palestinskoj civilnoj policiji je povećanje sigurnosti te služenje domaćem programu Palestinske uprave u jačanju vladavine prava. U tom smislu misija EUPOL COPPS podupire reformu i razvoj policije i pravosudnih institucija u svrhu povećanja sigurnosti civilnog društva u skladu s nacionalnim programom jačanja pravne države i vladavine prava na području palestinske samouprave.
Vlada Republike Hrvatske je 29. svibnja 2014. donijela odluku o uključivanju do dvoje policijskih službenika MUP-a u EU misiju EUPOL COPPS. Trenutačno (ožujka 2016.) se u misiji nalazi jedan policijski službenik MUP-a u funkciji policijskog savjetnika.
Operacija EU NAVFOR Somalija – ATALANTA
Operacija EU NAVFOR Somalija – ATALANTA dio je Sveobuhvatnog pristupa EU-a za Rog Afrike. Kao odgovor na sve agresivnije napade pirata na trgovačke brodove koji prolaze Adenskim zaljevom Vijeće EU-a je 8. prosinca 2008. donijelo odluku o pokretanju vojne operacije EU NAVFOR Somalija – ATALANTA uz somalijsku obalu. Treće države također su pozvane da sudjeluju u operaciji. Područje operacije uključuje južne vode Crvenog mora, Adenski zaljev, zapadne vode Indijskog oceana (uključujući Sejšele) te obalno područje, teritorijalne i unutarnje vode Somalije.
Osnovne zadaće operacije uključuju pružanje zaštite brodovima Svjetskog programa za hranu (WFP) te brodovima AMISOMA (Misija Afričke unije u Somaliji); odvraćanje, sprečavanje i suzbijanje piratstva i oružane pljačke uz obale Somalije; zaštita osjetljivih (trgovačkih) brodova uz obale Somalije; te doprinos praćenju (monitoringu) ribarskih aktivnosti uz somalijsku obalu.
Hrvatski sabor je 3. travnja 2009. donio odluku o upućivanju do pet predstavnika Oružanih snaga RH (časnika i dočasnika Hrvatske ratne mornarice) u operaciju potpore miru EU NAVFOR Somalija – ATALANTA. Odlukom Hrvatskog sabora od 15. studenoga 2013. godine taj broj je povećan na 25 pripadnika OSRH. Trenutačno (ožujka 2016.) jedan časnik HRM-a sudjeluje u radu stožera operacije u Northwoodu (UK). Značajno je napomenuti kako je Republika Hrvatska uputila jedan AVPD tim (Autonomous Vessel Protection Detachment) od 12 osoba za zaštitu broda WFP-a koji je djelovao od 28.12.2014. do 13.4.2015. godine.