A két ország közötti hagyományosan jó viszonyokat a kultúra, oktatás és tudomány területén a Horvát Köztársaság Kormánya és a Magyar Köztáraság Kormánya között a kulturális, oktatási és tudományos együttműködésről 1994. március 16-án Zágrábban aláírt Szerződés szabályozza. Az említett szerződés alapján az illetékes tárcák hároméves együttműködési programokat írnak alá. A legutóbbi ilyen programot a horvát kulturális miniszter és a magyar nemzeti kulturális örökség minisztere 2005. július 9-én Dubrovnikban írta alá a 2006-tól 2008-ig terjedő időszakra.
A horvát Tudományügyi, Oktatási és Sportminisztérium és a magyar Oktatási és Kulturális Minisztérium szintén háromévenként írnak alá együttműködési programot. 2006. januárjában a két ország közös kormányülésén aláírták a 2006-tól 2008-ig szóló együttműködési programot.
A Horvát-Magyar Kormányközi Vegyesbizottság, melyet az illetékes tárcák képviselői alkotnak, koordinálják és nyomon követik a két kormány stratégiai céljainak és határozatainak megvalósítását.
A magyar fél javasolta Horvátország bemutatkozását az Pécs2010 Európa Kulturális Fővárosa Program keretein belül. A legutóbbi közös kormányülésen 2007. május 17-én Zágrábban aláírták a Horvát Köztársaság Kormánya és a Magyar Köztársaság Kormánya közötti Együttműködési Megállapodást Európai Kulturális Ügyekben.
Az Együttműködési Megállapodás a horvát és magyar fél közös kezdeményezése és azt a szándékot tükrözi, hogy a Pécs2010 programjaiba bekapcsolják a határon átívelő együttműködést és a horvát partnereket is.
A határon átívelő kulturális együttműködés a különböző profilú kulturális intézményeken és tevékenységeken keresztül folyik, a kulturális értékek szabad cseréjén alapul és főként a két ország testvérvárosai és testvérmegyéi közötti közvetlen együttműködésben nyilvánul meg. Utóbbiak esetében a helyi önkormányzatoké a döntéshozatali jog. A legtöbb kulturális esemény négy Magyarországgal szomszédos horvátországi megyében zajlik: az Eszék-Baranya Megyében, Kapronca-Kőrös Megyében, Verőce-Drávamellék Megyében és Muraköz Megyében.
A Pécsi Horvát Színház, mint magyarországi horvát professzionális színház (amely a maga nemében egyedüli Horvátországon kívül) feladatául tűzte ki a horvát drámaírók műveinek bemutatását és népszerűsítését, valamint a két ország kulturális eseményeiben való aktív részvételt. A Horvát Matica Eszéki Tagozata 2001-ben létesített együttműködést a Pécsi Horvát Színházzal, ami a repertoár közös tervezésében, a bemutatók és vendégszereplések közös produkciójában nyilvánul meg.
A budapesti horvát nagykövet, Ivan Bandić 2007. október 1-jén találkozott a Pécs2010 Program illetékeseivel, Csák Ferenccel, az EKF kormányzati koordinátorával és Méhes Márton művészeti vezetővel, valamint Gonda Tibor pécsi alpolgármesterrel, akikkel a Pécsi Horvát Színház felújításáról és bővítéséről tárgyalt a Pécs2010 EKF keretén belül. A pécsi városvezetés és a magyar kormány támogatják a Pécsi Horvát Színház felújításának projektjét, mivel az nem csak kulturális hanem kisebbségi szempontból is fontos, hiszen a színházat a horvátokon kívül más kisebbségek is használják művészegyütteseik fellépése alkalmával.
A tudományos, oktatási és kulturális együttműködés területén kiemelt szerepe van egy új horvát-magyar illetve magyar-horvát nagyszótár kidolgozásának. Horvát részről ezt a többéves projektet a Tudományos, Oktatási és Sportminisztérium valamint a Kulturális Minisztérium koordinálja, a munkában részt vesznek mindkét ország szakemberei.
A két ország első közös kormányülésén 2006. januárjában megállapodás született egy magyar nyelv és irodalom tanszék létrehozásáról az eszéki Josip Juraj Strossmayer Egyetemen. A magyar szaknyelv oktatása a 2007/2008-as tanévben kezdődött meg.
A Pécsi Tudományegyetem Bölcsésztudományi Karának Horvát Nyelv és Irodalom Tanszéke kérésére megindult a horvát nyelv- és irodalomtanárok egyetemi szintű képzése. A budapesti ELTE-n, a szombathelyi Berzsenyi Dániel Főiskolán, a Pécsi Tudományegyetemen és a bajai Eötvös József Főiskolán hivatalos horvát anyanyelvi lektorok működnek, a Zágrábi Egyetem és az Eszéki Egyetem Bölcsészkarán pedig magyar anyanyelvi lektorok.
A két ország közötti tudományos együttműködést erősíti a 2005-től 2007-ig sikeresen lebonyolított 30 horvát-magyar kutatási projekt és négy kétoldalú műhely. Közös cél a kétoldalú tudományos együttműködés további fejlesztése, különösen az Európai Unió programjainak keretén belül.