Horvátország és Magyarország fejlett tárcaközi és intézmények közötti együttműködést alakított ki.
A két ország intenzív határokon átnyúló együttműködésében kiemelkedő szerepe volt azoknak az intézményeknek, melyek kidolgozták a Magyar-Horvát Határokon átnyúló Együttműködési Programot, mely az e célra előirányzott EU-s pénzek lehívásának alapja a 2007.-2013. pénzügyi időszakban.
A közlekedési infrastruktúra területén folytatódik az együttműködés különböző projekteken, az V/b és V/c páneurópai közlekedési folyosók vonalán jelentősen fejlesztették a két fél számára egyaránt jelentős közutakat. Megkezdődött a Mura folyó feletti közös híd építése, továbbá elkészült a Budapest-Zágráb autópálya vonalán fekvő határátkelőhely, amely a híd és a felvezető utak megépítése után kezd majd működni.
Folytatódik a munka a magyar-horvát/horvát-magyar nagyszótár kidolgozásán, a 2007./2008-as tanévtől pedig az eszéki J.J. Strossmayer Egyetemen működik a Magyar Nyelv és Irodalom Tanszék. Folyik az együttműködés a „Európa Kulturális Fővárosa – Pécs 2010” programban, valamint a határmenti természeti értékek védelme területén, melynek célja egy UNESCO–kritériumoknak megfelelő határon átnyúló bioszféra-rezervátum létrehozása.
A horvát és a magyar rendőrség sikeresen működött együtt a 2006-os és 2007-es turistaidényben.
Folytatódik az együttműködés az EU-hoz és a NATO-hoz való kapcsolatrendszeren belül. Az EU bel- és igazságügyi miniszteri tanácsának ülésén 2007. szeptember 18-én Brüsszelben elfogadták azt a javaslatot, hogy a horvát állampolgárok EU-ba való belépésekor tegyenek kivételt a Schengeni szabályok alkalmazása tekintetében, ami lehetővé teszi számukra, hogy Olaszország, Magyarország és Szlovénia felé továbbra is személyazonossági igazolvánnyal lépjék át az államhatárt (lásd www.mvpei.hr/info servis).
Folyamatos az együttműködés a környezetvédelem, a vízgazdálkodás, idegenforgalom, kisebbségvédelem, tudomány, oktatás, művelődés, sport, belügyek és igazságügy, helyi önkormányzatok, katasztrófavédelem, egészségügy, IT és e-ügyintézés, mezőgazdaság területén és más konkrét közös projekteken.
Összesen 99 államközi szerződés és egyéb dokumentum került aláírásra (www.mvpei.hr/bilaterai odnosi). 2007-ben a következő szerződéseket és dokumentumokat írták alá: a második közös kormányülésen 2007. május 17-én öt nemzetközi dokumentumot írtak alá: a Letenye-Goričan közötti autópálya határhídjának a Mura folyón való építéséről szóló Egyezmény módosításáról szóló Egyezményt, a Gazdasági minisztériumok együttműködéséről szóló Protokollt, Európai Kulturális Ügyekről szóló Együttműködési Megállapodást, a Helyi Önkormányzatok közötti Együttműködésről szóló Megállapodást, Nemzeti és Regionális Fejlesztéspolitikai Együttműködésről szóló Szándéknyilatkozatot, 2007. május 18-án pedig aláírták a Horvát Köztársaság Belügyminisztériumának Rendészeti Igazgatósága és az Országos Rendőrfőkapitányság közötti megállapodást a turistaidényben való együttműködésről.