A kétoldalú kapcsolatok a jószomszédi viszonyok szellemében alakulnak nyitott politikai kérdések nélkül. Ebben nagy szerepet játszott a Magyarország által tanúsított megértés és a Horvátországnak nyújtott támogatás és segítség a függetlenségéért folytatott Honvédelmi háború idején, az európai és atlanti integrációkban nyújtott kölcsönös támogatás, a kisebbségvédelmi politika, folyamatos magas szintű párbeszéd, valamint a tárcák közötti és a két ország gazdasági szereplői közötti együttműködés. Magyarország folyamatos és fenntartás nélküli támogatást nyújt Horvátországnak az Európai Unió és a NATO felé vezető úton.
A két ország közötti stratégiai partnerség fő jellemzői a jó politikai és gazdasági együttműködés (különösen az energetika, idegenforgalom, közlekedés és infrastruktúra területén), a határmenti és kulturális együttműködés, valamint a kisebbségek kölcsönös, magas szintű védelme.
A hagyományosan jó kapcsolatokat bizonyítják a Horvát Köztársaság és a Magyar Köztársaság kormányának közös ülései, amelyek kivételes politikai és gazdasági jelentőséggel bírnak és erősítik a regionális és európai politikát. A második közös kormányülésre 2007. május 17-én Zágrábban került sor dr. Ivo Sanader, a Horvát Köztársaság miniszterelnöke és Gyurcsány Ferenc, a Magyar Köztársaság miniszterelnöke vezetésével. Ez alkalommal több nemzetközi szerződés került aláírásra és megegyezés született néhány jelentős projekt ügyében. A második közös kormányülés főbb témái az energetikai függetlenség, a közúti és vasúthálózat fejlesztése és összekötése, más infrastrukturális projektek és a határon átívelő együttműködés.
A jó együttműködéshez nagyban hozzájárul a Horvát-Magyar Kormányközi Vegyesbizottság (VB) eredményes munkája, amely évente egyszer ülésezik. A VB 6. ülésére 2007. október 30-án Zágrábban került sor, mely alkalommal áttekintették a két ország közötti kétoldalú kapcsolatokat.