Poslije dužeg vremena, početkom 2005. godine započet je sudski proces kojim je optužen kapetan broda za plovidbu s nepropisnim dokumentima. U travnju 2005. godine, donesena je presuda prema kojoj je kapetan trebao platiti novčanu kaznu u visini od 20 milijuna rupija, ili oko 2.200 US$. Kaznu je kapetan uplatio, tako je od 6. svibnja 2005. godine odluka postala pravomoćna a brod i posada slobodni napustiti Indoneziju, te se indonezijska mornarica obvezala ispratiti brod do međunarodnih voda. Međutim, vlasti nisu dozvolile brodu napuštanje Indonezije, ali se ovaj put indonezijska mornarica povukla s broda.
Hrvatsko veleposlanstvo u Jakarti, odmah nakon što je dobilo pravomoćnu odluku o oslobađanju broda i posade, kao i odluku suda kojom se odbacuje zahtjev za žalbom kao nedopušten, u svibnju, pa u lipnju 2005. godine, službeno traži od indonezijskog Ministarstva vanjskih poslova, poštivanje sudske odluke, te da izvršne vlasti prestanu sa opstrukcijom ove sudske odluke i da se odmah omogući isplovljenje broda.
Predstavnici indonezijskih državnih institucija uključenih u ovaj slučaj, donose u subotu 20. kolovoza 2005. zaključke, koji se u nedjelju priopćavaju hrvatskom veleposlanstvu. Jučer 22. kolovoza 2005. hrvatsko veleposlanstvo o tome izvješćuje usmeno, a danas 23. kolovoza i putem note – prenosi odgovor hrvatske brodske kompanije «Lošinjska Plovidba», kako prihvaća zahtjev indonezijskih vlasti da osigura 10 milijardi rupija ili oko 1 milijun dolara, kao osiguravajući polog, tijekom daljeg sudskog procesa, kako bi brod potom odmah mogao isploviti iz Indonezije.
Jučer poslijepodne indonezijski ratni brod sa uperenim cijevima oružja kružio je oko hrvatskog broda Mirna, a jutros oko 200 pripadnika oružanih jedinica indonezijske mornarice na silu je zauzelo brod, a s njima su bili predstavnici javnog tužilaštva i kapetan luke Surabaya. Prislonivši pištolj na glavu kapetana broda, tražili su od njega potpisivanje dokumenata na indonezijskom jeziku, što on u odsutnosti odvjetnika i službenog prevoditelja, je odbio učiniti. Potom pripadnici oružanih jedinica napuštaju brod, a na brodu i dalje ostaje 12 vojnika koji pod kontrolom drže brod.
Indonezijske izvršne vlasti nisu nikoga obavijestile o svojim namjerama niti rezultatima poduzetih oružanih akcija, niti hrvatsko veleposlanstvo u Jakarti ni ovlaštene predstavnike hrvatske brodske kompanije, kao ni kapetana broda Mirna.
Hrvatsko veleposlanstvo odmah je telefonom i putem službene note obavijestilo indonezijske vlasti, oštro prosvjedujući zbog oružanog napada na brod i tražilo oslobađanje broda i posade i kažnjavanje počinitelja. Hrvatsko veleposlanstvo izražava prosvjed i žaljenje zbog oružanog napada na hrvatski brod i neprijateljskog ponašanja predstavnika izvršnih vlasti Indonezije, što je u potpunoj suprotnosti s pravomoćnom i izvršnom sudskom odlukom prema kojoj je brod slobodan, a što je u suprotnosti s prijateljskim međudržavnim odnosima između Hrvatske i Indonezije.
Ministarstvo vanjskih poslova i europskih integracija izražava iznenađenje ovakvim ponašanjem izvršnih organa indonezijskih vlasti, koje na ovaj način rade u potpunoj suprotnosti sa službenim stajalištima najviših predstavnika ove države, koji se zalažu za uspostavu punog pravnog poretka i vladavinu prava. Ministarstvo vanjskih poslova i europskih integracija i Veleposlanstvo Republike Hrvatske u Indoneziji u stalnom su kontaktu s posadom broda i prate slučaj te će izvijestiti o daljnjem razvitku događaja.